傳統(tǒng)的電泳分離方法基于分子的大小和帶電荷數(shù)多少，TGGE則增加了一個(gè)新的分離參數(shù)，即分子構(gòu)象。分子的構(gòu)象取決于分子的二級(jí)結(jié)構(gòu)和三級(jí)結(jié)構(gòu)，并受溫度、鹽濃度、pH值等外部因素影響。穩(wěn)定的構(gòu)象由氫鍵和范德華力所維系，溫度升高到某一限定點(diǎn)則可以破壞氫鍵和范德華力，分子呈分叉狀，遷移率明顯下降，這時(shí)的溫度稱為變性溫度（Tm）。對(duì)于相同分子量的DNA分子來(lái)說(shuō)，其變性溫度（Tm）因分子序列的不同而不同。TGGE利用Tm值的不同來(lái)確定分子序列是否存在差異。TGGE電泳不僅可分離DNA/RNA，也可提供DNA/RNA序列或蛋白質(zhì)穩(wěn)定性的資料。