PCR實驗室原則上分為四個單獨的工作區(qū)域：試劑貯存和準備區(qū)、標本制備區(qū)、擴增反應混合物配置和擴增區(qū)、擴增產(chǎn)物分析區(qū)，為了避免交叉污染，進入各個工作區(qū)域必須嚴格遵循單一方向進行，即只能從試劑貯存和準備區(qū)→標本制備區(qū)→擴增反應混合物配制和擴增區(qū)→擴增產(chǎn)物分析區(qū)，各實驗區(qū)之間的試劑及樣品傳遞應通過傳遞窗進行。
PCR實驗室并沒有嚴格的凈化要求，但是為避免各個實驗區(qū)域間交叉污染的可能性，適合用全送全排的氣流組織形式。同時，要嚴格控制送、排風的比例以保證實驗區(qū)的壓力要求。
1、實際貯存和準備區(qū)：PCR實驗室主要進行的操作為貯存試劑的制備、試劑的分裝盒主反應混合液的制備。試劑和用于樣品制作的材料應直接運送到這個區(qū)，不得經(jīng)過其他區(qū)域。試劑原料必須貯存在本區(qū)內(nèi)，并再本區(qū)內(nèi)制備成所需的貯存試劑。該區(qū)對與氣流壓力的控制沒有嚴格的要求。
2、標本制備區(qū)：該區(qū)域主要進行的操作為樣本的保存、核酸（RNA、DNA）提取、貯存及其加入值擴增反應管和測定DNA的合成。壓力梯度要求為：相對領巾區(qū)域為正壓，以避免從鄰近區(qū)進入本區(qū)的氣溶膠污染，另外由于在加樣操作中可能會發(fā)生氣溶膠所致的污染，所以應避免在本區(qū)內(nèi)不必要的走動。
3、擴增反應混合物配制和擴增區(qū)：該區(qū)域主要進行的操作為DNA擴增，此外，已制備的DNA模板（來自樣本制備區(qū)）的加入和主反應混合液（來自試劑貯存和制備區(qū)）制備成反應混合液等也可以在本區(qū)內(nèi)進行。本區(qū)的壓力梯度要求為：相對于鄰近區(qū)域為負壓，以避免氣溶膠從本區(qū)漏出。為避免氣溶膠所致的污染，應盡量減少在本區(qū)內(nèi)的布必要走動，個別操作如加樣等應在超凈臺內(nèi)進行。
4、擴增產(chǎn)物分析區(qū)：該區(qū)域主要進行的操作為擴增片段的測定，本區(qū)是主要的擴增產(chǎn)物污染來源，因此對本區(qū)的壓力梯度要求為相對鄰近區(qū)域為負壓，以避免擴增產(chǎn)物從本區(qū)擴散至其他區(qū)域。

進入實驗室區(qū)域工作人員應該按照以下路徑：

公共清潔區(qū)→更衣間（更換潔凈服）→緩沖間→污染實驗區(qū)

工作人員退出實驗室的路徑為：

污染試驗區(qū)→緩沖間→淋浴間（有條件的可設置）→更衣間→公共清潔區(qū)