實驗室依據(jù)所使用的方法可分為試劑準備、標本制備、擴增、產(chǎn)物分析等三或四個區(qū)域。只是使用實時熒光PCR儀、HIV*載量測定儀的PCR實驗室，有上述前面三個區(qū)域即可。各區(qū)域應(yīng)獨立分隔，不應(yīng)有任何的空氣直通。

產(chǎn)物分析區(qū)或三個區(qū)域的***后一個區(qū)域（即擴增及產(chǎn)物分析區(qū)），空氣流向應(yīng)由室外向室內(nèi)，可通過在室內(nèi)設(shè)置通風櫥、排風扇或其他排風系統(tǒng)達到空氣流由室外向室內(nèi)流動的要求。

3.1    試劑準備區(qū): 

    儀器設(shè)備主要應(yīng)有加樣器、冰箱、天平、低速離心機、混勻器、可移動紫外燈等。可使用超凈工作臺作為試劑配制操作臺面。

3.2    標本制備區(qū)

    儀器設(shè)備主要應(yīng)有生物安全柜（***好為B2, 可避免提取核酸在柜內(nèi)反復循環(huán)，造成標本間交叉“污染”，出現(xiàn)假陽性結(jié)果。此外還應(yīng)配備加樣器、臺式高速離心機（冷凍及常溫）、臺式低速離心機、恒溫設(shè)備（水浴和/或干浴儀）、冰箱、混勻器和可移動紫外燈等。

3.3    擴增區(qū)

    主要儀器就是核酸擴增熱循環(huán)儀（PCR儀，實時熒光或普通的）。熱循環(huán)儀的電源應(yīng)專用，并配備一個穩(wěn)壓電源或UPS，以防止由于電壓的波動對擴增測定的影響。此外，根據(jù)工作需要，還可配備加樣器、超凈臺等。

3.4    產(chǎn)物分析區(qū)：

    本區(qū)所使用的儀器設(shè)備可能有加樣器、電泳儀（槽）、電轉(zhuǎn)印儀、雜交爐或雜交箱、水浴箱、DNA測序儀、酶標儀和洗板機等。

在理想情況下，PCR實驗室試劑準備、標本制備、擴增三個區(qū)域可設(shè)置緩沖間。在緩沖間內(nèi)，可設(shè)置正壓，使室內(nèi)空氣不流向室外，室外空氣不流向室內(nèi)。