微波殺菌是微波加熱技術功能的延伸，表現(xiàn)為微波與生物體及其組成的基本單元――細胞之間相互作用后，生物體的細胞生理活動變化和反映。     
     與食品等行業(yè)的巴氏加熱殺菌法比較，實驗數(shù)據(jù)表明微波有以下顯著特點： 
      a 同樣殺菌溫度下，所需殺菌時間短；在相同殺菌條件下，菌致死的溫度比較低。 
      b 能同時對被殺菌物料表里實施整體殺菌。極大地縮短殺菌周期，并保證殺菌工藝地一致性。
      一、微波殺菌地機理分析
      微波對生物體作用地結果，生物體作為極性介質(zhì)吸收微波能量后產(chǎn)生兩種效應：熱效應和非熱效應（也稱生物效應）。微波對生物體地熱效應是生物體的蛋白質(zhì)產(chǎn)生熱變性而凝固（>50℃）的現(xiàn)象。其后果對于細菌來說將致死，這是巴氏殺菌的理論基礎。就微波對生物體的熱效應而言，這一點與巴氏殺菌效果是相同的。但微波輻射對生物體的影響遠不止于此。 
      a 微波殺菌的物理環(huán)境
     微波輻射對生物體相互作用具有雙向性，如果微波劑量超過生物體耐熱闕值，都將對生物體造成傷害。但如果低于闕值，微波輻射對生物體的生理活動卻能起到激活、催化作用。
     微波殺菌的物理環(huán)境有兩個；一是熱力的溫度場，另一為電磁力的、頻率很高的電磁場。是兩種物理場對微生物作用，其中以電磁力場殺菌為主導作用。 
      b 微波殺菌的工藝特點
      ●  物料各部位殺菌的同時性
     能對物料的表面和內(nèi)部進行同時的殺菌。物料各部位殺菌的同時性，為縮短總殺菌時間，提高殺菌質(zhì)量提供了有利條件，能避免因長時間加熱殺菌影響食品品質(zhì)、口感等。
      ●  殺菌時間上的同時性
     能保證對物料殺菌工藝條件實施一致，無前后滯后，故此失彼。
      二、工業(yè)微波殺菌設備的相關問題
      1. 微波殺菌與物料包裝工序的的先后關系
     需要微波殺菌的物料，分液態(tài)和固態(tài)兩種。由于微波能透射物料內(nèi)部，因此，無論物料是液態(tài)或固態(tài)都可以連同容器一起進入微波加熱殺菌區(qū)域得到殺菌處理。當然，前提是物料的容器不能是金屬質(zhì)地的。
     液體殺菌一般微波殺菌方法以物料包裝與否，分為包裝前和包裝后殺菌兩種。先灌裝后殺菌方式，技術改造投資少。但先灌裝后殺菌處理時，液料與容器同時受熱，不可避免的會增加能耗，并且對封閉后的容器耐壓強度提出要求。但如采用先殺菌后灌裝方式，雖然節(jié)約能耗，但需有與之配套的無菌灌裝技術和設備，以及容器獨立清洗和殺菌等設備。
     固體殺菌一般以軟包裝材料包裝后殺菌為宜。因為同時殺菌，可有效避免細菌的再次污染。在常規(guī)加熱殺菌操作中，真空包裝殺菌可分為三種：真空狀態(tài)下的加熱殺菌；*熟煮制品真空包裝后加熱殺菌；熟煮制品趁熱真空包裝。他們都可達到延長制品的貨價期，其貨價器的長短取決于熟煮制品的熱處理程度、PH值、水分活度、鹽度以及添加劑的數(shù)量爾定。為此，加工業(yè)者往往多加防腐劑以求延長貨價期。
      2. 工業(yè)微波設備用于殺菌裝置結構
     一般分為隧道式和爐式及管道式
     固體殺菌選用爐式設備，在需要流水線形式提高產(chǎn)量及實現(xiàn)制品的連續(xù)性時考慮選擇隧道式；液體殺菌選用管道式，將液體送入反應腔體輻射實現(xiàn)的。