利用木瓜蛋白酶的酶促反應，可把食品中大分子的蛋白質(zhì)水解成小分子肽或氨基酸，可制成：肉類嫩化劑，嫩肉粉的生產(chǎn)，啤酒、果汁飲料澄清劑，酒類發(fā)酵劑；餅干、面包、面條的減筋生產(chǎn)與加工，餅干松化劑的生產(chǎn)；水解各種動物蛋白質(zhì)，醬油釀造，酵母抽提物、酵母浸膏生產(chǎn)；在各種動植物食品，蛋白粉，螺旋藻等類生產(chǎn)應用。提高食品的營養(yǎng)價值。

中國食品酶制劑種類較多，其中，碳水化合物用酶、蛋白質(zhì)用酶、乳品用酶占食品酶制劑的比重較大，所占比例為81.7%  。在食品加工過程中常用的酶制劑主要有以下幾種：木瓜蛋白酶、谷氨酰胺轉(zhuǎn)胺酶、彈性蛋白酶、溶菌酶、脂肪酶、葡萄糖氧化酶、異淀粉酶、纖維素酶、超氧化物歧化酶、菠蘿蛋白酶、無花果蛋白酶、生姜蛋白酶等。