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技術(shù)文章

PCR實(shí)驗(yàn)中一聽到就令人 犯愁的PCR異常曲線

發(fā)布時(shí)間:2020-12-14

在PCR實(shí)驗(yàn)過程中,我們經(jīng)常會(huì)遇到各種奇特的擴(kuò)增曲線,如何正確解讀這些曲線并且做出恰當(dāng)?shù)慕鉀Q方案是我們一線實(shí)驗(yàn)者需要練就的基本功。今兒,將多年累積的功力編成“武功秘籍”奉上,助你PK掉那些令人犯暈的異常曲線。

 

異常曲線1:PCR擴(kuò)增抑制

原因分析:H07存在擴(kuò)增抑制

 

解決方案:將樣本稀釋后進(jìn)行擴(kuò)增(抑制物的影響可通過稀釋樣本消除

 

異常曲線2:自動(dòng)基線設(shè)置問題

 

原因分析:自動(dòng)基線問題

 

解決方案:手動(dòng)設(shè)置基線。將Baseline End設(shè)置為“擴(kuò)增信號(hào)出現(xiàn)的前一個(gè)循環(huán)”即,圖片展原始為26,將其設(shè)置為20,點(diǎn)擊OK即可恢復(fù)正常曲線。

 

 

異常曲線3:熒光定量PCR實(shí)驗(yàn)結(jié)果中無(wú)Ct值出現(xiàn)

 

 

原因分析:

(1)PCR參數(shù)設(shè)置錯(cuò)誤:在設(shè)計(jì)循環(huán)參數(shù)時(shí)沒有設(shè)置熒光信號(hào)采集;

(2)模板降解: 避免樣品制備中雜質(zhì)的引入及反復(fù)凍融的情況;

(3)引物或者探針降解:可通過PAGE電泳檢測(cè)其完整性;

(4)電腦設(shè)置了自動(dòng)休眠。

 

解決方案:按照原因分析進(jìn)行一一核查,對(duì)癥處理。

 

 

異常曲線4:斜直線型擴(kuò)增曲線

 

PCR實(shí)驗(yàn)*檢測(cè)呈斜直線型擴(kuò)增曲線,再次復(fù)檢后結(jié)果基本均為正常陰性。

 

原因分析:

 

分液不準(zhǔn)確,檢查檢測(cè)后的反應(yīng)管可發(fā)現(xiàn)管內(nèi)的PCR反應(yīng)液量明顯少于正常管;反應(yīng)管氣密性差,反應(yīng)過程中溶液蒸發(fā)引起探針濃度增加,導(dǎo)致曲線呈斜直線狀。

 

解決方案:分液均勻,上機(jī)前檢查八連管液面是否在同一水平線上;八連管蓋蓋嚴(yán),上機(jī)前檢查是否有縫隙。

 

 

 

異常曲線5:擴(kuò)增曲線末尾起跳

 

 

PCR實(shí)驗(yàn)結(jié)果中有曲線出現(xiàn)末尾起跳但是沒有完整擴(kuò)增的現(xiàn)象。

 

原因分析:

(1)陰參曲線末尾起跳,通常表示存在污染;

(2)復(fù)檢樣本,排除非特異性擴(kuò)增的可能性;

(3)正常樣本也可存在曲線末尾起跳,表示樣本濃度低或者加樣量不準(zhǔn)確。

 

解決方案:排除是否存在污染;排除污染原因后復(fù)檢樣本,如果復(fù)檢后曲線為陰性直線則說(shuō)明之前的末尾起跳為非特異性擴(kuò)增,如果復(fù)檢后曲線仍與之前一致則說(shuō)明末尾起跳表示該樣本中待檢病毒核酸的濃度偏低。

 

 

異常曲線6:山域型曲線

 

 

原因分析:嚴(yán)重的蒸發(fā)會(huì)呈現(xiàn)先上升后下降的曲線,輕微的蒸發(fā)會(huì)是一種緩慢的上升,這兩類異常的曲線可以看一下檢測(cè)后的反應(yīng)管液面是否有下降的現(xiàn)象來(lái)證明。

 

解決方案:上機(jī)檢測(cè)前檢查八連管管蓋,保證無(wú)縫隙后上機(jī)擴(kuò)增。

 

 

異常曲線7:擴(kuò)增曲線有向上或者向下的尖峰

 

 

原因分析:

(1)儀器不穩(wěn)定導(dǎo)致的擴(kuò)增曲線異常(也可能突然停電或者電壓不穩(wěn));

(2)如果尖峰向下,可能是鹵素?zé)衾匣掳l(fā)射光源不穩(wěn)定(指鹵鎢燈光源的激發(fā)器)

(3)如果是單一的孔位出現(xiàn)尖峰,除了考慮儀器或者孔位問題外,還要考慮反應(yīng)體系是否有氣泡所致。

 

解決方案:按照原因分析進(jìn)行一一核查,對(duì)癥處理。

 

 

背景知識(shí)

判斷擴(kuò)增曲線是否良好的指標(biāo)

 

 

 

1.曲線拐點(diǎn)清楚,特別是低濃度樣本指數(shù)期明顯,擴(kuò)增曲線整體平行性好,基線平而無(wú)上揚(yáng)現(xiàn)象,低濃度樣本擴(kuò)增曲線指數(shù)期明顯。

 

2.曲線指數(shù)期斜率與擴(kuò)增效率成正比,斜率越大擴(kuò)增效率越高。

 

3.標(biāo)準(zhǔn)的基線平直或略微下降,無(wú)明顯的上揚(yáng)趨勢(shì)。

 

4.各管的擴(kuò)增曲線平行性好,表明各反應(yīng)管的擴(kuò)增效率相近。

 

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