Oncomine 泛癌無細胞檢測是檢測從全血血漿漿組分中分離出腫瘤來源 DNA 和 RNA 中多個靶標的完整解決方案的一部分。該測定試劑盒提供了試劑，以及用于從單管 10 mL 全血的血漿組分中獲得的無細胞總核酸 (cfTNA) 制備擴增子文庫的一池多重 PCR 引物。該文庫可用于高度多重靶向下一代測序 (NGS)。
Oncomine 無細胞檢測的優(yōu)勢：
•從單管血液中，使用 DNA 和 RNA 生成擴增子文庫，SNV 檢測限為 0.1%
• 適用于短 cfDNA 的優(yōu)化擴增子設計確?？赡茌^高的捕獲率
• 標簽測序技術通過去除隨機摻入的錯誤，盡可能減少假陽性結果
• 優(yōu)化的靶向測定試劑盒設計可進行高度多重 NGS，降低每份樣品的測序成本
• 從單管 10 mL 血液至報告為 2 天工作流程；靶向文庫的總時間僅為 4 小時
• 僅需 5 ng 上樣量 cfTNA 即可進行癌癥基因研究
• 與 FFPE 樣品兼容以進行可能的一致性研究
52 基因檢測組合包括：
• 熱點基因 (SNV) 和短插入缺失：AKT1、ALK、AR、ARAF、BRAF、CHEK2、CTNNB1、DDR2、EGFR、ERBB2、ERBB3、ESR1、FGFR1、FGFR2、FGFR3、FGFR4、FLT3、GNA11、GNAQ、GNAS、HRAS、IDH1、IDH2、KIT、KRAS、MAP2K1、MAP2K2、MET、MTOR、NRAS、NTRK1、NTRK3、PDGFRA、PIK3CA、RAF1、RET、ROS1、SF3B1、SMAD4、SMO
• 基因融合：ALK、BRAF、ERG、ETV1、FGFR1、FGFR2、FGFR3、MET、NTRK1、NTRK3、RET、ROS1
• MET 外顯子 14 跳讀
• 拷貝數(shù)基因 (CNV)：CCND1、CCND2、CCND3、CDK4、CDK6、EGFR、ERBB2、FGFR1、FGFR2、FGFR3、MET、MYC
• 腫瘤抑制基因：APC、FBXW7、PTEN、TP53
這些基因在多種癌癥類型中被確定為頻繁突變，包括：膀胱、腦和 CNS、乳房、宮頸、結腸直腸、子宮內膜、食管、胃、頭頸部、腎臟、肝臟、肺、黑色素瘤、卵巢、胰腺、前列腺、肉瘤和甲狀腺。
檢測限：
•SNV/短插入缺失：可實現(xiàn)低至 0.1% 等位基因頻率 (AF) 的檢測限 (LOD)、靈敏度 >80%、特異性 >98%*
• TP53 全靶 SNV/插入缺失：0.5% AF（查看擴增子內的所有堿基）
•融合和 MET 外顯子跳讀：可實現(xiàn)低至 1% 的 LOD
•CNV 靶標：可檢測低至 1.4 倍的變化
強烈建議使用 MagMAX 無細胞總核酸分離試劑盒 (A36716) 從全血血漿組分中分離 DNA 和 RNA。
使用標簽測序條形碼套件 1-24 或 25-48（貨號分別為 A31830 和 A31847）實現(xiàn)可擴展性和靈活性，用于在 Ion S5 芯片上倍增條形碼樣品。
可以使用 Torrent Suite 軟件 5.2 或更高版本實現(xiàn) SNV 和短插入缺失分析。為了分析 SNV、短插入缺失、融合和 CNV，需要使用 Ion Reporter 軟件 5.6（基于云或服務器）。
技術
cfDNA 和 cfRNA 在全血血漿組分中濃度極低。由于此低發(fā)病率，所以該檢測中采用了標簽測序技術。該技術將的分子標簽連接至基因特異性引物上。擴增后，將根據(jù)標簽對已標記分子進行分組。在 80% 或更長的時間含有相同突變體的組將被稱為陽性。使用該標簽技術，通過文庫構建/測序過程生成的隨機錯誤序列能夠被清除。
與 LOD 為 1-5% 的其他技術不同，Oncomine 泛癌無細胞測定試劑盒針對 SNV 具有低至 0.1% 的靈活檢測限或在 1,000 個野生型拷貝背景中具有 1 個突變體拷貝。為了達到 0.1% LOD，需要 20 ng cfTNA 上樣量。cfTNA 用量可以更低，但 %LOD 將更高，這取決于上樣量。
液體活檢相對于傳統(tǒng)實體瘤活檢具有幾大優(yōu)勢：
•液體活檢采樣采用微創(chuàng)，可在多個時間點采集樣品以監(jiān)測癌癥進展
• 比傳統(tǒng)組織活檢成本更低
• 從采樣至得到結果的周轉時間更短
• 更好地表示腫瘤異質性
*使用從正常健康供體中分離的人工陽性樣品和 cfTNA，測定各變體類型的敏感性和特異性。
For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
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