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我國微生物大數(shù)據(jù)平臺建設(shè)獲進展
發(fā)布時間:2016-10-25近日,*微生物研究所微生物資源與大數(shù)據(jù)中心、世界微生物數(shù)據(jù)中心團隊題為World Data Centre for Microorganisms: an information infrastructure to explore and utilize preserved microbial strains worldwide的研究論文被學(xué)術(shù)期刊《核酸研究》(Nucleic Acids Research)在線發(fā)表,微生物資源與大數(shù)據(jù)中心、世界微生物數(shù)據(jù)中心主任馬俊才為本文通訊作者。
微生物作為zui簡單的生命體成為生命科學(xué)研究不可替代的基本材料,微生物數(shù)據(jù)是微生物資源共享和開發(fā)的關(guān)鍵環(huán)節(jié),數(shù)據(jù)資源的豐富性、準確性和共享水平?jīng)Q定著整個微生物學(xué)領(lǐng)域研究和應(yīng)用的綜合能力。世界微生物數(shù)據(jù)中心(World data center for microorganisms, WDCM)隸屬于生命科學(xué)聯(lián)盟(IUBS)下屬的世界微生物菌種保藏聯(lián)合會(WFCC)和*教科文組織(UNESCO)下屬的微生物資源中心(MIRCEN),由世界菌種保藏聯(lián)盟在上世紀60年代建立,是微生物領(lǐng)域zui重要的實物資源數(shù)據(jù)平臺,也是我國生命科學(xué)領(lǐng)域*的一個世界數(shù)據(jù)中心。
在該研究中,團隊以世界微生物數(shù)據(jù)中心為平臺倡導(dǎo)微生物菌種保藏目錄(Global Catalogue of Microorganisms,GCM)重大微生物數(shù)據(jù)資源合作計劃,為分散于各個保藏中心和科學(xué)家手中寶貴的微生物資源提供一個統(tǒng)一的數(shù)據(jù)倉庫,并以統(tǒng)一數(shù)據(jù)門戶的形式,對*科技界和產(chǎn)業(yè)界提供微生物菌種資源的信息服務(wù)。目前已經(jīng)有來自美國、法國、德國、荷蘭等43個國家和地區(qū)的107個微生物資源保藏機構(gòu)正式參加這一計劃。
在大數(shù)據(jù)整合技術(shù)研究方面,團隊開發(fā)了生物資源引用平臺系統(tǒng),利用*的數(shù)據(jù)挖掘手段,從超過600萬已發(fā)表的微生物文獻、、核酸序列和基因組中,進一步提取了微生物資源的后續(xù)研究和利用的信息,并開發(fā)了參考菌株目錄,作為一個跨平臺參考目錄,整合ISO以及其他標準菌種統(tǒng)一編號,推動了菌種資源的高標準應(yīng)用。該數(shù)據(jù)平臺對于微生物實物資源從采集、保藏、跨國轉(zhuǎn)移、學(xué)術(shù)和商業(yè)應(yīng)用以及利益分享的各個環(huán)節(jié)都能提供有效的數(shù)據(jù)支持,為《名古屋議定書》在微生物領(lǐng)域的實施和執(zhí)行提供zui重要的支撐。平臺及其相關(guān)的指導(dǎo)原則,是上*次形成一套*的可運行的信息平臺方案。WDCM在CBD/NP實施方面的相關(guān)工作,也符合我國參與CBD工作的主要方向。
微生物大數(shù)據(jù)平臺目前已經(jīng)處于穩(wěn)定的運行和服務(wù)階段,在數(shù)據(jù)集成和服務(wù)機制上,也進行了積極的探索,使得該平臺能夠有效地在范圍進行數(shù)據(jù)資源的集成,并實現(xiàn)可持續(xù)發(fā)展。同時,WDCM作為一個合作平臺,使我國科學(xué)家能夠在的角度,組織和協(xié)調(diào)各國的相關(guān)力量,建立性的合作框架,也讓中國有機會逐步在微生物資源的開發(fā)應(yīng)用和數(shù)據(jù)共享方面占領(lǐng)微生物研究前沿和主導(dǎo)地位。截至目前,平臺的累計訪問次數(shù)已超過20萬次。
該研究得到國家“863”計劃《微生物數(shù)字化信息系統(tǒng)集成關(guān)鍵技術(shù)研發(fā)》、中科院信息化專項微生物領(lǐng)域云、中科院科技促進發(fā)展局《世界微生物數(shù)據(jù)中心建設(shè)》等項目的支持。
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