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1．期 期是指人類還未見到微生物個(gè)體尤其是細(xì)菌細(xì)胞前的一段漫長的歷史時(shí)期，大約在距今8000年前一直至公元1676年間。當(dāng)時(shí)的人類雖未見到微生物的個(gè)體，卻自發(fā)地與微生物頻繁地打交道，并憑自己的經(jīng)驗(yàn)在實(shí)踐中開展利用有益微生物和防治有害微生物的活動(dòng)。但由于在思想方法上長期停留在“實(shí)踐—實(shí)踐—實(shí)踐”的基礎(chǔ)上，因此只能長期處于低水平的應(yīng)用階段。
2．初創(chuàng)期 從1676年列文虎克用自制的單式顯微鏡觀察到細(xì)菌的個(gè)體起，直至1861年近200年的時(shí)間。在這一時(shí)期中，人們對微生物的研究僅停留在形態(tài)描述的低級水平上，而對它們的生理活動(dòng)及其與人類實(shí)踐活動(dòng)的關(guān)系卻未加研究，因此，微生物學(xué)作為一門學(xué)科在當(dāng)時(shí)還未形成。
3．奠基期 從1861年巴斯德根據(jù)曲頸瓶試驗(yàn)*推翻生命的自然發(fā)生說并建立胚種學(xué)說（germtheory）起，直至1897年的一段時(shí)間。其特點(diǎn)為：①建立了一系列研究微生物所必要的*方法和技術(shù)，從而解決了認(rèn)識微生物的第二、三、四個(gè)障礙；②借助于良好的研究方法，開創(chuàng)了尋找病原微生物的“黃金時(shí)期”；③把微生物學(xué)的研究從形態(tài)描述推進(jìn)到生理學(xué)研究的新水平；④開始客觀上以辯證唯物主義的“實(shí)踐—理論—實(shí)踐”的思想方法指導(dǎo)科學(xué)實(shí)驗(yàn)；⑤微生物學(xué)以獨(dú)立的學(xué)科形式開始形成，但當(dāng)時(shí)主要還是以其各應(yīng)用性分支學(xué)科的形式存在。
　4．發(fā)展期1897年德國人E．Buchner用無細(xì)胞酵母菌壓榨汁中的“酒化酶”（zymase）對葡萄糖進(jìn)行酒精發(fā)酵成功，從而開創(chuàng)了微生物生化研究的新時(shí)代。此后，微生物生理、代謝研究就蓬勃開展了起來。
5．成熟期 從1953年4月25日J(rèn)．D．Watson和H．F．C．Crick在英國的《自然》雜志上發(fā)表關(guān)于DNA結(jié)構(gòu)的雙螺旋模型起，整個(gè)生命科學(xué)就進(jìn)入了分子生物學(xué)研究的新階段，同樣也是微生物學(xué)發(fā)展*成熟期到來的標(biāo)志。