公司動(dòng)態(tài)
將數(shù)據(jù)存儲(chǔ)在用活體細(xì)菌中
發(fā)布時(shí)間:2016-6-13哈佛大學(xué)的科學(xué)家們利用CRISPR基因編輯工具,已研發(fā)出一種能夠*將數(shù)據(jù)儲(chǔ)存在活體細(xì)胞中的技術(shù)。更令人難以置信的是,這些存儲(chǔ)數(shù)據(jù)的微生物中能夠?qū)⑿畔鬟f給下一代。
CRISPR/Cas9是這幾年剛剛出現(xiàn)的一種非常神奇的工具,它廉價(jià)且容易使用的分子編輯系統(tǒng)有著多方面用途,包括基因工程、RNA編輯、疾病建模和對(duì)抗逆轉(zhuǎn)錄病毒如HIV等?,F(xiàn)在,它還能夠?qū)⒉黄鹧鄣奈⑸镒兂擅逼鋵?shí)的硬盤。
其實(shí)科學(xué)家們?cè)谶@之前就已經(jīng)實(shí)現(xiàn)過,但當(dāng)時(shí)采用的是*人工的方式。在之前的實(shí)驗(yàn)中,科學(xué)家們將信息編碼到一段DNA序列中,進(jìn)行DNA合成,所有的信息依舊被保留在活體生物的范圍之外。在新的研究中。哈佛大學(xué)的遺傳學(xué)家Seth Shipman和Jeff Nivala帶領(lǐng)研究小組,以一種*不同的方式進(jìn)行DNA數(shù)據(jù)儲(chǔ)存。
“我們直接將信息寫入了基因組”Nivala說,“相比*合成的DNA數(shù)據(jù)儲(chǔ)存系統(tǒng)的容量,我們目前能夠儲(chǔ)存的總體DNA數(shù)據(jù)較小,不過我們認(rèn)為以基因組為基礎(chǔ)的信息儲(chǔ)存方式由許多潛在的優(yōu)勢(shì)。”在他看來(lái),這些優(yōu)勢(shì)包括更高的保真度和直接與生物配合的能力。比如,科學(xué)家們可以教會(huì)一個(gè)細(xì)菌識(shí)別、提供信息乃至殺死它內(nèi)部的其它微生物,或者提供一份基因表達(dá)記錄。
Nivala說:“這取決于你如何計(jì)算它。我們大約能儲(chǔ)存30-100字節(jié)的信息,相比之前大約11字節(jié)的容量而言,這一儲(chǔ)存容量已經(jīng)相當(dāng)高。”
為了做到這一點(diǎn),研究人員們以CRISPR的形式利用了細(xì)菌的內(nèi)置免疫系統(tǒng),直接將數(shù)據(jù)寫入細(xì)菌細(xì)胞的基因組中。這使得被修飾的細(xì)菌能夠?qū)⑦@一定制信息傳遞給它的下一代,使得這種形式的生物數(shù)據(jù)儲(chǔ)存嫉妒有效且*。
Shipman和Nivala借用了細(xì)菌的內(nèi)置免疫系統(tǒng)來(lái)實(shí)現(xiàn)這一點(diǎn)。每當(dāng)病毒攻擊細(xì)菌的時(shí)候,CRISPR就會(huì)勤奮地在DNA中記錄這一事件,后來(lái)該細(xì)菌再次受到病毒攻擊的時(shí)候,它就能查找到這一事件。而它做到這一點(diǎn)的方式則是直接儲(chǔ)存濾過性毒菌的DNA,這被稱作基因間隔區(qū)。研究人員們?cè)趯?shí)驗(yàn)中想要知道這些間隔區(qū)是否會(huì)被添加到特定序列中,并生成時(shí)間線。
他們發(fā)現(xiàn)這種間隔區(qū)的時(shí)間順序能夠形成分子記錄設(shè)備的基礎(chǔ)。在實(shí)驗(yàn)中,較松的DNA片段被注射到具備CRISPR/cas9的大腸桿菌中。其中某些DNA片段并非隨意挑選,這些含有特定數(shù)據(jù)串的片段(即A\T\C\G特定字母序列組合)是科學(xué)家們精心挑選的結(jié)果。這些片段被引入到細(xì)菌中之后,該細(xì)菌就會(huì)以一種連貫的線性方式有條不紊地將它們整合起來(lái),以反映它們被引入的順序。
科學(xué)家們僅增加了幾個(gè)間隔區(qū)來(lái)演示他們的理論,在其它間隔區(qū)可用的情況下,潛在的可能組合非常驚人。
Nivala說:“這些實(shí)驗(yàn)為研發(fā)能用來(lái)監(jiān)控長(zhǎng)時(shí)間內(nèi)分子事件的記錄系統(tǒng)奠定了基礎(chǔ)。比如,zui終它能夠幫助我們了解某個(gè)細(xì)胞從健康走向疾病狀態(tài)期間,其基因條件出現(xiàn)了何種問題等。或者它也可以被用來(lái)記錄細(xì)胞外部環(huán)境信息,比如特定化學(xué)物質(zhì)、毒素和病原體的存在。”
該團(tuán)隊(duì)將進(jìn)一步提升這一系統(tǒng),以便讓數(shù)據(jù)完夠儲(chǔ)存在單個(gè)細(xì)胞中,而不是必須借助成堆的細(xì)胞對(duì)信息進(jìn)行編碼和解碼。
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