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本法綜合了SDS-PAGE的高分辨力和酶聯(lián)免疫吸附試驗（enzyme linked immunosorbentassay，ELISA）的高特異性和敏感性，是一個有效的分析手段，不僅廣泛應用于分析抗原組分及其免疫活性，并可用于疾病的診斷。在艾滋病病毒感染中此法作為確診試驗?？乖?jīng)電泳轉(zhuǎn)移在硝酸纖維素膜上后，將膜切成小條，配合酶標抗體及顯色底物制成的試劑盒可方便地在實驗室中供檢測用。根據(jù)出現(xiàn)顯色線條的位置可判斷有無針對病毒的特異性抗體。

目前，Western印跡法主要用于未知蛋白質(zhì)的檢測及抗原組分、抗原決定簇的分子生物學的測定；同時也可用于未知抗體的檢測和單克隆抗體的鑒定等。