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核酸的標(biāo)記可以在體外進(jìn)行，也可以在體內(nèi)進(jìn)行。體內(nèi)（in vivo）標(biāo)記是將放射性標(biāo)記的化合物作為代謝底物加到活細(xì)胞培養(yǎng)體系中去，經(jīng)細(xì)胞的合成代謝而使核素?fù)饺氲叫潞铣傻暮怂岱肿又腥?。體外標(biāo)記法分為化學(xué)法和酶法：①化學(xué)法是利用標(biāo)記物分子上的活性基因與探針分子上的基因（如磷酸基因）發(fā)生的化學(xué)反應(yīng)將標(biāo)記物直接結(jié)合到探針分子上。不同標(biāo)記物有各自不同的標(biāo)記方法，zui常用的是125I標(biāo)記和光敏生物素（photobiotin）標(biāo)記。②酶法也叫酶促標(biāo)記法，將標(biāo)記物預(yù)先標(biāo)記到核苷酸（NTP或dNTP）分子上，然后利用酶促反應(yīng)將標(biāo)記的核苷酸分子摻人到探針分子中去，或?qū)⒑塑账岱肿由系臉?biāo)記基因交換到探針分子上。
（1）缺口平移法：此標(biāo)記反應(yīng)體系的主要成分有DNA酶I，大腸桿菌DNA聚合酶，3種三磷酸脫氧核糖核苷酸如dATP、dTTP、dGTP，一種核素標(biāo)記的核苷酸32P—dCTP，待標(biāo)記DNA片段。在極微量DNA聚合酶的作用下，在雙鏈DNA分子的一條鏈上隨機(jī)切開若干個缺口而不是切斷DNA或?qū)⑵浣到猓缓?，大腸桿菌DNA聚合酶I在切口的3’—OH端逐個加入新的核苷酸，同時由于該酶具有5，—3’外切酶的活性，它同時切除5，端游離的核苷酸，3’端核苷酸的加入和5，端核苷酸的切除同時進(jìn)行導(dǎo)致切口沿著DNA鏈移動。新鏈核苷酸的合成是以另一互補(bǔ)鏈為模板，按堿基互補(bǔ)的原則合成，所以新舊鏈的核苷酸序列*相同。由于反應(yīng)體系中含有一種或兩種核素標(biāo)記的單核苷酸，使新合成的鏈帶有核素標(biāo)記，所以缺口平移實際上是核素標(biāo)記的核苷酸取代了原DNA鏈中不帶核素的同種核苷酸。DNaseI是在兩條鏈的不同部位隨機(jī)打開缺口，從而使兩條鏈都被核素均勻地標(biāo)記，使得標(biāo)記的DNA具有較高的放射比活性。

缺口平移法標(biāo)記DNA探針
（2）隨機(jī)引物標(biāo)記法：隨機(jī)引物（randomprimer）是人工合成的長度為6個核苷酸殘基的寡聚核苷酸片段的混合物，它們的順序是根據(jù)計算機(jī)分析的生物基因組DNA 6核苷酸排列的多種可能性而設(shè)計的。對于任意一個用作探針的DNA片段，隨機(jī)引物混合物中都會有一些6核苷酸片段可以與之結(jié)合，起到DNA合成引物的作用。將這些隨機(jī)引物與變性后的DNA單鏈結(jié)合，然后以此結(jié)合的隨機(jī)引物為引物，以變性后的DNA單鏈為模板，在Klenow酶的催化下，以4種dNTP（其中一種為標(biāo)記的dNTP）為底物，合成與探針DNA互補(bǔ)的且?guī)в袠?biāo)記物的DNA探針。隨機(jī)引物法標(biāo)記化合物摻人率模板DNA隨機(jī)打開缺口高達(dá)?0％一80％，因此在核酸分子雜交實驗中標(biāo)記探針時多采用此法。

DNA的隨機(jī)引物標(biāo)記法
（3）末端標(biāo)記：DNA末端標(biāo)記法只是將DNA片段的一端（5，端或3，端）進(jìn)行部分標(biāo)記，標(biāo)記活性不高，標(biāo)記物摻入率低，一般極少用做核酸分子雜交的探針。
（4）PCR標(biāo)記法：在PCR反應(yīng)底物中，將一種dNTP換成標(biāo)記的dNTP，這樣標(biāo)記的dNTP就可在PCR反應(yīng)的同時摻人到新合成的DNA鏈上。DNA探針的標(biāo)記繁多，可根據(jù)不同需要進(jìn)行選擇，一般分子雜交的探針常采用缺口平移和隨機(jī)引物法標(biāo)記，在探針標(biāo)記及檢測試劑盒中都帶有具體的標(biāo)記方法和檢測方法的說明。