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DNA探針標(biāo)記反應(yīng)結(jié)束后，反應(yīng)液中存在著游離的dNTP或NTP分子、磷酸鹽分子等，這些雜質(zhì)如不去除可能會對雜交反應(yīng)產(chǎn)生不良影響。因此，探針標(biāo)記后，一般都需要進(jìn)行分離純化。常用的純化方法有以下3種。

1．乙醇沉淀法 無水乙醇可以沉淀DNA片段，而一些dNTP等小分子物質(zhì)和蛋白質(zhì)分子則留在上清液中，因此，用無水乙醇沉淀2～3次即可將探針片段與雜質(zhì)分離，達(dá)到純化的目的。此法由于操作簡便，一般常被用來純化探針。

2．Sephadex G-50柱層析法 利用SephadexG-50凝膠的分子篩作用，可以將探針分子與dNTP等小分子物質(zhì)分離開來，大分子探針隨著流動相流出，而小分子物質(zhì)則滯留在凝膠層析柱中。SephadexG-50層析柱的柱床不宜過大，以防*峰體積過大，影響雜交液的配制。如果體積過大，可用乙醇沉淀法進(jìn)行濃縮。

3．微柱離心法 將0．5ml Eppendorf雙鏈DNA管管底刺一細(xì)孔，鋪上一薄層硅化的玻璃棉或尼龍網(wǎng)。在管中裝入用蒸餾水溶脹消毒的SephadexC,-50，用1．5ml Eppendorf管作為套管，5 000r／min離心3min。向管中反復(fù)添加溶脹的SephadexG-50，直到柱床達(dá)到離心管3／4的高度。再加入0．1ml蒸餾水，按同樣條件離心，至流出液體積為0．1mi。將標(biāo)記混合物0．1ml加至柱床上，柱床底部換一個新的1．5mi Eppendorf管作為套管，接收標(biāo)記好的DNA。按同樣速度離心，流出液即為標(biāo)記好的探針，而未摻人DNA的dNTP等小分子則保留在層析柱中。